Primer Too

Primer Tool は、primer_seq_data フォルダ内の .seq ファイルを一括で読み込み、配列情報を一覧化して seq_summary.xlsx として出力するための軽量ツールです。

ファイル名、配列長、GC%、Tm、warning、元ファイルパスをまとめて確認できるため、研究室内でのプライマー整理や配列管理の土台として使えます。

出力される xlsx の file 列には、元の .seq ファイルへのハイパーリンクを設定しており、一覧から参照元ファイルへ戻りやすい構成になっています。

使い方はシンプルで、primer_seq_data に .seq ファイルを入れ、run_primer_tool.command を実行するだけです。

入力フォルダが空の場合でも、エラー終了せずヘッダー付きの seq_summary.xlsx を更新します。

【主な機能】

• .seq ファイルの一括読み込み

• DNA主配列の抽出

• 配列長、GC%、Tm の簡易算出

• warning 列による注意フラグ表示

• 元 .seq ファイルへのハイパーリンク付き xlsx 出力

• 空フォルダでも正常更新

【想定用途】

• プライマー一覧の整理

• 配列情報の見える化

• ファイル名ベースの forward / reverse 簡易確認

• 研究室内での配列管理補助

動作環境

• macOS 想定

• Python 3

• openpyxl が必要

【現在の仕様】

• role と primer_type はファイル名ベースの簡易推定です

• Tm は Wallace rule による簡易値です

• pair_id / anneal_sequence / overhang_sequence の自動判定は現時点では保留中です

• 最終的な確認・判断は利用者自身で行ってください